현대의 동물분자육종학이란 기존의 전통적인 통계육종이론에 분자적 수준(molecular level)의 유전체정보를 더하여 보다 더 정확하고 효과적으로 유전모수를 추정하고, 선발강도를 높여 단위시간당 개량량을 극대화하기 위한 학문으로 정의할 수 있다. 또한, 가축을 개량함에 있어 전통의 통계육종방법과 분자육종방법이 완전히 별개의 방법이 아니며, 형질 및 가계자료와 함께 전통적인 통계육종모형에 기반하여 효과적으로 DNA마커를 발굴하고 적용시킴으로써 유전적으로 우수한 개체를 정확하게 선발함에 궁극적인 목표를 둔다.
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