메리 레녹스는 하인들을 거느리고 사는 유복한 부모님과 함께 인도에서 살았다. 메리 레녹스의 어머니는 사교계 활동에만 관심을 기울여서, 자기 딸을 돌보지 않고 메리를 보모에게 맡긴다. 못생긴 메리는 보모와 하인만 대했기 때문에, 울며 보채기만 하는 삐뚤어진 성격을 갖게 되었다. 부모 모두 인도 전역을 휩쓴 콜레라 전염병으로 사망하자, 고아가 된 메리 레녹스는 삼촌이 사는 영국의 미셀스웨이트의 저택으로 보내진다.
황무지 위에 세워진 그 저택은 늘 닫혀 있는 100여 개의 방이 있으며, 밤이 되면 긴 복도를 따라 울부짖는 소리가 들린다. 영국에서도 혼자인 메리는 그 저택을 둘러보는 것이 유일한 탈출구이다. 그러던 중, 울새를 따라가다 열쇠를 발견하게 되고, 그 열쇠로 잠긴 비밀의 정원을 발견한다. 메리는 10여 년간 방치되어 정원 안의 나무와 꽃들은 다 죽은 듯 보이는 그 정원을 되살리기로 한다. 메리는 그 집의 하녀 마사를 통해 그녀의 동생 디콘을 알게 되고, 그와 함께 황무지를 뛰어놀고 정원을 되살리면서, 자신의 건강과 성격도 몰라보게 좋아질 뿐 아니라, 다른 사람들도 교화한다.

CHAPTER I. There Is No One Left (제1장 아무도 남지 않았다)
CHAPTER II. Mistress Mary Quite Contrary (버릇없는 메리 아가씨)
CHAPTER III. Across The Moor (황무지를 가로질러)
CHAPTER IV. Martha (제4장 마사)
CHAPTER V. The Cry In The Corridor (복도에서 들리는 울음소리)
CHAPTER VI. There Was Someone Crying (울고 있는 사람이 있었다)
CHAPTER VII. The Key To The Garden (정원으로 들어가는 열쇠)
CHAPTER VIII. The Robin Who Showed The Way (길을 알려준 울새)
CHAPTER IX. The Strangest House Anyone Ever Lived In (사람들이 이제껏 살았던 가장 이상한 집)
CHAPTER X. Dickon (디콘)
CHAPTER XI. The Nest Of The Missel Thrush (겨우살이개똥지빠귀 둥지)
CHAPTER XII. “Might I Have A Bit Of Earth?” (내가 땅을 조금 가져도 될까요?)
CHAPTER XIII. “I Am Colin” (나는 콜린이야)
CHAPTER XIV. A Young Rajah (어린 라지아)
CHAPTER XV. Nest Building (둥지 만들기)
CHAPTER XVI. “I Won’T!” Said Mary ("싫어!"라고 메리가 말했다)
CHAPTER XVII. A Tantrum (발끈하기)
CHAPTER XVIII. “Tha’ Munnot Waste No Time” (시간을 낭비하지 마)
CHAPTER XIX. “It Has Come!” (그것이 왔다)
CHAPTER XX. “I Shall Live Forever - And Ever - And Ever!” (나는 영원히 영원히 살 거야)
CHAPTER XXI. Ben Weatherstaff (벤 웨더스태프)
CHAPTER XXII. When The Sun Went Down (해가 질 때)
CHAPTER XXIII. Magic (마법)
CHAPTER XXIV. “Let Them Laugh” (그들이 웃게 내버려 둬)
CHAPTER XXV. The Curtain (장막)
CHAPTER XXVI. “It’S Mother!” (어머니야!)
CHAPTER XXVII. In The Garden (정원에서)