국가 해양생태계 종합조사는 기존의 개별조사사업(연안습지기초조사, 해양생태계기본조사, 해양보호구역 조사·관찰, 해양생물다양성 조사 등)을 하나로 통합하여 해양생태계의 종합적이고 체계적인 분석이 가능하도록 개편 하였다. 주요 내용으로는 조사주기를 1~2년으로 단축하여 그간의 조사에서 누락되었던 시계열 자료를 확보함과 동시에 과거-현재-미래를 비교·판단·예측할 수 있는 과학적 자료의 축적이 가능하게 되었다. 우리나라 해양을 2개의 권역으로 나누어 2년에 한번 해양생태계 일반 현황을 파악하고, 중점조사지역을 선정하여 매년 조사함으로써 해양환경 변화에 반응하는 해양생태계의 변화를 모니터링 하도록 하였다. 이렇듯 지속적인 모니터링을 통해 생태계 기반 관리(Ecosystem-based Management)를 위한 기초자료 생산을 본 ‘국가 해양생태계 종합조사’가 담당하게 되었고, ’15~’20년에 걸친 3주기 해양생태계 전국조사가 완성되어 3차례 우리나라 전 연안에 대한 기초자료가 축적되었다. 이 보고서가 정확한 조사와 분석에 근거한 양질의 자료를 바탕으로, 현재의 환경상태를 평가하고 과거와의 변화상을 파악하며, 나아가 미래의 변화를 예측함으로써 각 해역의 특성에 맞는 관리방안과 대응방안을 수립할 수 있는 과학적인 기초자료로 활용되길 바란다.