1992년 10월 24일 기독교대한감리회에서 역사적인 사건이 있었다. 변선환, 홍정수 두 교수에 대해 종교재판을 벌여 두 사람을 출교시킨 것이다. 특히 변선환 교수는 당시 단과대학이었던 감리교신학대학의 학장이었다. 서양 중세에나 있을 법한 종교재판이 20세기 한국에서 벌어진 것이다.
이때부터 한국 감리교회는 신학 없는 교회, 탐구 정신이나 합리성을 도외시한 맹목적 신앙만을 강조하는 풍토가 지배하기 시작하였다. 오로지 교권의 지배 아래에서만 학문이 가능하게 된 것이다.
당시 절차나 과정의 정당성조차 무시했던 그 잘못된 종교재판에 관해 이를 잊지 않고 있는 사람들, 감신대를 비롯한 여러 학자와 교회를 담임하는 목사들 그리고 여러 기관에 있던 사람들이 함께 책을 내고 세미나를 개최하는 등 여러 형태의 모여 그 부당함을 토로하였다. 또 변선환아키브에서는 종교재판의 정치적인 사건의 실체를 명명백백하게 밝힐 자료를 3권으로 된 총 1,600쪽에 해당하는 백서로 만들었다.