초등학교 2학년 소라네 반에서는 점심시간이 지난 5교시만 되면 누군가 엄청난 위력의 방귀를 뀌는 소동이 벌어집니다. 소라는 친구인 유나, 명하와 함께 방귀 소동의 범인을 직접 찾아내기 위해 ‘방구방구 탐정단'을 결성합니다. 탐정단 세 사람은 의심스러운 사람들에게 바나나 식초를 먹여 보자는 아이디어부터 마술 성냥갑을 이용해 보자는 의견까지 다양한 방법을 시도해 보지만 모두 실패하고 말지요. 마침내 분식집 개 똘똘이의 도움으로 범인을 잡는데 오해로 밝혀지고, 탐정단은 친구를 곤란하게 했다는 이유로 선생님께 크게 꾸중을 듣습니다. 그러던 중에 탐정단원인 유나가 학교에서 쓰러지고, 사건은 엉뚱한 방향으로 흘러갑니다. 과연 의욕이 넘치는 방구방구 탐정단은 방귀 소동의 범인을 잡을 수 있을까요?