묘지에서 버서커와의 전투로부터 하룻밤이 지나 조금이나마 일상을 되찾은 에미야 시로.
시로는 후지무라 타이가의 호출로 세이버와 함께 학교로 향한다.
성배전쟁에서 함께 싸울 거라는 사실을 감춘 채 시로는 세이버와 동거할 거라는 사실을 후지무라와 사쿠라에게 알렸지만 어째서인지 두 사람도 에미야 저택에서 머물기로 하는데….
한편 신토에서의 사건 현장을 방문한 토오사카 린은 희미하게 남아있는 마력의 잔재로 캐스터의 소행이라 단정 짓는다.