환경미생물학은 환경미생물이 지구 및 인간 환경에 어떠한 영향을 미치며 또한 지구 생태계와 인간 활동에 얼마나 관련되어 있는지에 대해 연구하는 학문이다. 1장은 환경미생물의 기초(미생물의 정의와 환경미생물의 개념과 종류, 영향인자 등), 2장은 지구환경과 미생물(지구상에 존재하는 대기미생물, 수중미생물, 토양미생물과 주요 원소의 순환), 3장은 미생물 성장곡선과 미생물 동력학(미생물 성장곡선과 미생물 동력학), 4장은 미생물에 의한 질병(발생, 세균으로 인한 수인성 질병과 식중독)에 대해서 알아볼 것이다. 5장과 6장에서는 생물학적 하수처리와 생물학적 슬러지 처리를, 7장과 8장에서는 지구온난화로 인해 각광받고 있는 혐기성 수소발효, 미생물 연료전지의 원리 및 특징을 공부한다. 마지막 9장에서는 분자생물학적 미생물 군집 분석법을 배우게 된다.

제 1 장 환경미생물의 기초

1.1. 미생물의 정의
1.2. 미생물의 발견
1.3. 미생물의 발생
1.4. 미생물의 분류체계
1.5. 미생물학과 환경미생물학
1.6. 환경미생물
1.7. 환경미생물의 종류
1.8. 미생물과 영향인자
1.9. 미생물의 명칭

제 2 장 지구환경과 미생물

2.1. 대기미생물
2.2. 해수미생물
2.3. 담수미생물
2.4. 토양미생물
2.5. 탄소의 순환
2.6. 질소의 순환
2.7. 황의 순환
2.8. 인의 순환

제 3 장 미생물 성장곡선과 미생물 동력학

3.1. 미생물 성장곡선
3.2. 미생물 동력학

제 4 장 미생물에 의한 질병

4.1. 질병의 발생
4.2. 수인성 질병
4.3. 식중독

제 5 장 생물학적 하수처리

5.1. 생물학적 하수처리 개요
5.2. 활성슬러지 공정
5.3. 살수여상 공정
5.4. 산화지
5.5. 고도처리

제 6 장 생물학적 슬러지 처리

6.1. 생물학적 슬러지 처리 개요
6.2. 혐기성 미생물에 의한 슬러지 분해
6.3. 호기성 미생물에 의한 슬러지 분해

제 7 장 혐기성 수소발효

7.1. 지구온난화와 수소의 관계
7.2. 생물학적 수소생산
7.3. 혐기성 수소발효
7.4. 수소생산의 극대화 방안

제 8 장 미생물 연료전지

8.1. 미생물 연료전지의 역사
8.2. 미생물 연료전지의 개념
8.3. 미생물 연료전지의 이론
8.4. 미생물 연료전지의 응용

제 9 장 유전공학 이용 환경기술

9.1. 유전공학을 이용한 환경기술의 흐름
9.2. 분석 대상
9.3. PCR 기반 분석법