양계장 위생 관리가 불량하게 되면 각종 기회성 질병 발생률이 증가하고 만성소모성 질병 또는 잠복성 질병 발생률을 높이게 된다. 또한 질병에 대한 닭의 저항력이 떨어져서 생산성이 악화될 뿐만 아니라 질병 방역비용 및 치료비용이 감당하기 어려 울 정도로 증가하게 된다. 근본적으로 질병 발생 요인을 안고 있는 양계장에서 닭이 탈 없이 건강하게 자라기를 바란다는 것은 노력 없이 요행을 바라는 것과 같다.
질병에 대한 치료비용의 증가는 양계에 대한 경제성 악화 요인 외에도 축산물의 안전성 확보 측면에서 사회적으로 심각한 부작용을 초래할 수 있다. 일례를 들어, 산란계에 가금티푸스1가 발생하여 산란계에는 사용이 금지되어 있는 겐타마이신이나 엔로프록사신을 대량으로 사용했다고 가정해 보면, 치료비용의 증가는 물론 사용한 항생제로 인하여 계육 내 또는 계란 내 항균약제 잔류 문제가 발생한다. 만약에 가금 티푸스가 아니라 식중독을 일으키는 살모넬라 엔테리티디스라면 약제 잔류 문제 외에 계육이나 계란에 이 균이 오염됨으로써 발생하는 식중독 문제도 함께 고려되어야 만 한다. 따라서 양계장의 위생 관리가 제대로 안 되면, 그 양계장 내 계군들은 질병 방역과 위생 면에서 근원적으로 문제점을 안고 가게 되며, 장기간 누적될 경우 이익 도 기대하기 어렵고 소비자의 외면이란 또 다른 어려움에 직면하게 된다