국가 해양생태계 종합조사는 해양생태계 보전 및 관리에 관한 법률 제10조에 의한 법정조사사업으로, 지금까지 총 3차에 걸쳐 진행되고 있다. 1차와 2차는 연안습지 기초조사라는 명칭으로 조사주기를 5∼6년으로 지역별 조사를 통해 생태계 특성을 파악하였으며, 660개 단위갯벌 목록작성과 1,141종의 생물서식종을 발견하는 등 성과를 거두었다. 그러나 시계열자료 확보가 곤란하고, 조사시기가 상이하여 생태계 변화를 추적하는데 어려움이 발생하는 등 문제점 또한 노출되었다. 이에 갯벌생태조사에서는 조사주기를 1∼2년으로 단축하여 시계열자료 축적을 통한 생태계 변화를 추적하고자 새롭게 기획되었다.

본 사업의 목적은 고품질 자료생산 및 빅데이터 구축을 통한 해양공간(영토) 관리와 해양생태자산 관리에 있다. 더불어 위협요소·기후변화 사전대응, 우수해양생태계 보호, 해양생태계 보전 및 관리에 부가적 목적이 있다. 본 사업을 통해 생태계 변화가 감지되고, 그 변화가 유의미하면 정밀조사를 통해 실태를 파악하고, 정책자료로 활용 하는 프로세스로 진행되고 있다