연안생태조사는 국가 해양생태계 종합조사에 포함되는 법정조사로 두 가지 목적을 가지고 있다. 첫 번째는 우리나라 해양생태계의 현황 및 장·단기 변동 특성 등에 대한 체계적이고 신뢰성 높은 과학적 자료를 확보하여 해양생태계의 보전 및 관리정책에서의 활용이다. 두 번째는 위협요소 및 기후변화 사전대응, 해양생태자산 관리, 우수 해양생태계 보호, 지속가능 및 현명한 이용 등을 위한 체계적이고 종합적 해양생태계 보전·관리정책 수립 및 시행과 해양공간관리에 활용이다.

연안생태조사는 기본조사와 중점조사로 나누어서 수행되고 있다. 기본조사는 춘계와 하계에 수행하는 조사로 2015년부터 홀수년에는 서해와 남해서부 해역을 조사하고 짝수년에는 동해와 남해동부 및 제주해역을 조사하고있다. 중점조사는 매년 사계절에 수행하는 조사로 우리나라 대표해역인 5개의 하구역(한강, 금강, 영산강, 섬진강, 낙동강)과 1개의 용승해역(동해용승)에서 조사를 수행하고 있다