국가 해양생태계 종합조사는 기존의 개별조사사업(연안습지기초조사, 해양생태계기본조사, 해양보호구역 조사·관찰, 해양생물다양성 조사 등)을 하나로 통합하여 해양생태계의 종합적이고 체계적인 분석이 가능하도록 개편하였다. 주요 내용으로는 조사주기를 1~2년으로 단축하여 그간의 조사에서 누락되었던 시계열 자료를 확보함과 동시에 과거-현재-미래를 비교·판단·예측할 수 있는 과학적 자료의 축적이 가능하게 되었다. 우리나라 해양을 2개의 권역으로 나누어 2년에 한번 해양생태계 일반 현황을 파악하고, 중점조사지역을 선정하여 매년 조사함으로써 해양환경 변화에 반응하는 해양생태계의 변화를 모니터링 하도록 하였다