이 지침서는 ‘해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률’ 제10조, 11조, 12조에 따라 우리나라 관할해역 내 해양생태계의 현황과 장단기 변동 특성을 파악하고, 해양보호생물 및 해양보호구역의 보전·관리, 해양생물종다양성 유지, 해양생태도 작성 등 국가의 종합적이고 체계적인 해양생태계 보전·관리 정책을 수립하기 위한 ‘국가해양생태계종합조사’(이하 종합조사)를 수행함에 있어 조사 자료의 일관성을 유지하고 신뢰성을 확보하는데 필요한 사항을 규정하는데 그 목적이 있다.

종합조사는 기획?총괄의 운영 하에 기본조사와 중점조사로 구분되며, 기본조사는 우리나라 동·서·남해·제주 전 해역을 대상으로 갯벌, 암반, 연안, 근해역 전반에 대한 시계열 자료 획득을 목적으로 하는 정기적인 개괄적 조사를 의미하며, 중점조사는 국가의 필요나 일반 국민의 관심이 높은 이슈 지역을 대상으로 조사의 항목, 빈도, 강도를 달리하여 조사하는 것을 의미한다