프랭크 캐슬, 퍼니셔가 뉴욕으로 돌아왔다. 그는 뉴욕 마피아의 대모인 그누치 여사 제거 계획을 세우고, 그누치 여사는 엄청난 세력을 앞세워 퍼니셔를 뭉개려 한다. 그 과정에서 프랭크는 그누치 여사에게 치명상을 입히고, 이에 분노한 그누치 여사는 수많은 조직원을 고용해 프랭크를 죽이려 하지만 실패한다. 뉴욕 경찰은 필요악 자경대원 퍼니셔를 어떻게 처리할지 골머리를 썩다가 뉴욕 경찰서 최고의 찌질이로 낙인찍힌 무능한 형사 소프와 최악의 망신살로 소문난 폰 리히트호펜 경위의 2인조 특별수사 팀을 구성하여 퍼니셔 검거 담당 임무를 맡김으로써 거물 범죄자를 검거하거나, 문제 형사를 처리하거나를 노리는 묘수를 내놓는다. 한편 프랭크가 거주하는 아파트에는 세 명의 독특한 인물이 살고 있었는데 내성적인 성격의 조앤, 거구의 범포 씨, 그리고 얼굴을 피어싱으로 도배한 또라이 데이브가 그들이다. 프랭크는 처음엔 그들과 서먹한 관계였지만 스스럼없이 자신을 대하는 그들에게 조금씩 마음의 문을 열기 시작한다. 그러던 어느 날, 집요한 공략에도 살아남는 퍼니셔를 보면서 그누치 여사는 악명 높은 러시아 킬러를 고용하기에 이르는데….