메리 레녹스는 하인들을 거느리고 사는 유복한 부모님과 함께 인도에서 살았다. 메리 레녹스의 어머니는 사교계 활동에만 관심을 기울여서, 자기 딸을 돌보지 않고 메리를 보모에게 맡긴다. 못생긴 메리는 보모와 하인만 대했기 때문에, 울며 보채기만 하는 삐뚤어진 성격을 갖게 되었다. 부모 모두 인도 전역을 휩쓴 콜레라 전염병으로 사망하자, 고아가 된 메리 레녹스는 삼촌이 사는 영국의 미셀스웨이트의 저택으로 보내진다.
황무지 위에 세워진 그 저택은 늘 닫혀 있는 100여 개의 방이 있으며, 밤이 되면 긴 복도를 따라 울부짖는 소리가 들린다. 영국에서도 혼자인 메리는 그 저택을 둘러보는 것이 유일한 탈출구이다. 그러던 중, 울새를 따라가다 열쇠를 발견하게 되고, 그 열쇠로 잠긴 비밀의 정원을 발견한다. 메리는 10여 년간 방치되어 정원 안의 나무와 꽃들은 다 죽은 듯 보이는 그 정원을 되살리기로 한다. 메리는 그 집의 하녀 마사를 통해 그녀의 동생 디콘을 알게 되고, 그와 함께 황무지를 뛰어놀고 정원을 되살리면서, 자신의 건강과 성격도 몰라보게 좋아질 뿐 아니라, 다른 사람들도 교화한다.

제1장. 아무도 남지 않았다
제2장. 버릇없는 메리 아가씨
제3장. 황무지를 가로질러
제4장. 마사
제5장. 복도에서 들리는 울음소리
제6장. 울고 있는 사람이 있었다
제7장. 정원으로 들어가는 열쇠
제8장. 길을 알려준 울새
제9장. 사람들이 이제껏 살았던 가장 이상한 집
제10장. 디콘
제11장. 겨우살이개똥지빠귀 둥지
제12장. 내가 땅을 조금 가져도 될까요?
제13장. “나는 콜린이야”
제14장. 어린 라지아
제15장. 둥지 만들기
제16장. “싫어!”라고 메리가 말했다
제17장. 발끈하기
제18장. “시간을 낭비하지 마.”
제19장. “그것이 왔다!”
제20장. “나는 영원히 영원히 살 거야!”
제21장. 벤 웨더스태프
제22장. 해가 질 때
제23장. 마법
제24장. “그들이 웃게 내버려 둬.”
제25장. 장막
제26장. “어머니야!”
제27장. 정원에서