동의보감에는 몇 가지 특징이 있는데 이 책에는 다른 책에서 전혀 볼 수 없는 병증(病症)에 대한 분류가 있다. 예를 들면, 병증에 있어서는 먼저 내경편(內景篇), 외형편(外形篇), 잡병편 (雜病篇), 탕액편 · 약물편(湯液篇 · 藥物篇), 침구편(鍼灸篇) 등으로 대별하였고, 내경편을 다시 4부로 구분하여 제1부는 신형(身形), 정(精), 기(氣), 신(神)으로 분류하고 있다. 참고로 정의 넋을 보면 정은 신체의 근본이기 때문에 비장해야 한다고 말했고, 비장하기 위해서는 어떻게 하는 것이 좋은가에 대해 설명하는 한편 7종의 처방까지 제시하고 있다. 또한 몽설(夢泄),
몽정(夢精), 유정(遺精)에는 3종류가 있다 하였고, 그 치료법으로서 29종의 처방과 그 적응증을 소상히 말하고 있을뿐더러 강정약(强精藥), 도인법(導引法), 침구치료 등을 곁들이고 있다.
제 2부는 혈(血), 몽(夢), 성음(聲音), 언어(言語), 진액(津液), 담음(痰飮 = 질병의 원인이 되는 체액)으로 분류하였고, 제3부는 5장 6부 · 간 · 심 · 비 · 폐 · 신 · 담 · 위 · 소장 · 대장 · 방광 · 삼초(三焦 = 상초 · 중초 · 하초) · 포(胞) · 충(蟲)으로 분류했으며, 제4부는 소변 · 대변으로 분류하고 있는데, 여기에서는 주로 대소변의 배설 이상에 관해 설명하고 있다. 그리고 대변의 항에는 78의 처방이 예시되어 있다.