어느 날 갑자기 정체를 알 수 없는 고약한 냄새는 쥐토피아 도시를 뒤덮고, 쥐토피아 시민들은 고약한 냄새를 견디지 못해 정든 집을 팔고 도시를 떠난다. 그런데 시민들이 판 집과 건물을 ‘검은지하 중개 회사’라는 곳에서 모두 사들이고 있었다! 제로니모는 오랜 친구이자 치즈치즈 탐정 연구소의 탐정인 주책바가지 치즈범벅과 함께 쥐토피아를 위기에 빠뜨린 고약한 냄새의 원인을 파헤치기 시작하고, 냄새가 시작되는 곳이 쥐토피아 13번 하수구임을 알게 된다. 제로니모와 주책바가지 치즈범벅가 하수구로 내려가 도착한 곳은 다름 아닌 무시무시한 하수구 여왕이 다스리고 있는 지하 왕국! 이 둘은 쥐토피아에 풍기는 지독한 냄새의 원인을 밝히고 무사히 그곳을 빠져나올 수 있을까?