『메이지 일본의 식민지 지배』은 저자가 홋카이도대학에서 발견된 유골의 조사 위원으로 활동하면서 집필한 『중간 보고서』(1996)와 『보고서』(1997), 그리고 오늘날까지 꾸준히 지속된 유골 조사 내용을 바탕으로 쓰였다. 저자는 이 책에서 청일전쟁 때 한반도와 홋카이도에서 무슨 일이 일어났는지, 어둠 속에 숨겨진 조선 농민의 대봉기와 아이누민족운동에 대해 파헤치고 있는데 이를 통해 아이누 민족, 동학, 식민학을 둘러싼 근대 일본의 식민지 지배의 깊은 어둠이 명확해진다.

머리말

제1장 ‘동학당 수괴’의 유골을 추적하다

1. ‘동학당’의 방치 유골, 홋카이도대학에서 발견
2. 메모를 쓴 사토 마사지로를 찾아
3. 일본에서 이루어진 자료 조사
4. 진도를 방문하고
5. 일본의 조선 면화 재배 사업
6. 사토 마사지로와 니토베 이나조

제2장 동학농민전쟁 ― 동학농민군과 토멸대

1. 홋카이도대학에서 실시된 ‘해골’ 봉환식
2. 전주에서 이루어진 유골 진혼식
3. 동학농민전쟁의 현장을 방문하다
4. 동학의 조직과 사상
5. 일본군의 조선 침입과 동학의 봉기
6. 동학농민군 토멸대의 파견
7. 전투에서 동학농민군의 저항
8. 토멸 명령을 받은 일본 병사들
9. 섬멸 명령의 남발
10. 동학농민군 희생자

제3장 홋카이도와 조선, 아이누 민족 ― 식민학의 신천지(新天地)

1. 사토 쇼스케와 사토 마사지로
2. 아이누 민족에 대한 차별
3. 사토 쇼스케?니토베 이나조?사코 쓰네아키의 식민론
4. 아리시마 다케로 『성좌(星座)』의 코스모스

제4장 동학농민전쟁과 일본인

1. 동학농민군을 토멸한 일본군 병사를 찾아
2. 은폐된 동학농민군 섬멸 작전의 사실
3. 당시 일본인의 동학농민군 섬멸 작전 비판

저자 후기
역자 후기
참고 문헌