국방장관직을 사임하고 어벤저스를 해체한 후 익스트리미스 바이러스를 주입해 더욱 강력한 힘을 얻게 된 토니. 그는 슈퍼빌런들의 대탈주 사건을 계기로 새로운 캡틴 아메리카와 함께 새로운 어벤저스를 결성한다. 토니는 세계 평화에 기여하고자 아머의 운용 체계를 대규모로 전환하는 극비 프로젝트 ‘아르고노트’를 추진하지만 프로젝트가 마무리되기 전에 정보를 알게 된 닉 퓨리의 추궁을 받는다. 설상가상으로 호 인센 박사 죽음에 관여한 탈레반 요인들의 연이은 피살 사건의 유력한 용의자로 지목되기까지 한다. 그러나 그는 살인을 저지른 기억조차 없다. 토니는 결백을 입증하기 위해 스스로 감옥에 갇히는 길을 선택하지만 베일 속 조종자의 음모에 따라 자신이 진짜로 살인을 저질렀음을 알게 된다. 도망자 신세가 된 토니는 감옥에 수감돼 있던 마야 한센의 도움을 받아 모종의 자기 물질이 자신의 뇌를 뒤덮고 있음을 발견하는데….
〈아이언 맨: 익스트리미스〉 - 〈아이언 맨: 엑시큐트 프로그램〉 - 〈시빌 워: 아이언 맨〉의 순서로 내용이 이어진다.