『아이언 맨: 엑시큐트 프로그램』 말미에서 초인등록법의 필요성을 확신한 토니. 이후 시빌 워를 통해 등록법이 강행되면서 히어로 간의 내전이 벌어진다. 이 내전의 승자 토니 스타크는 등록 히어로들로 구성된 새로운 팀 ‘이니셔티브’를 발족하고, 동시에 S.H.I.E.L.D.의 국장까지 맡으면서 세계 평화 유지를 위한 자신의 프로젝트에 한 걸음 다가선다. 그러나 토니의 리더십은 기존 S.H.I.E.L.D. 장교들, 특히 덤덤 듀간 같은 베테랑들 사이에서는 불만의 대상이 된다. 토니는 자신이 가진 기술력을 총동원하여 S.H.I.E.L.D.의 무기 체계를 업그레이드하는 한편, 어벤저스가 해체되기 전에 국방부장관으로 활동하던 시절과 마찬가지로 직접 아머를 입고 최전선에서 팀을 지휘하며 적극적인 활동을 펼친다. 하지만 토니의 이와 같은 노력은 그의 오랜 숙적이자 한동안 모습을 감추었던 만다린이 부활하면서 큰 어려움을 맞게 되는데….