우연히 초월적 존재 피닉스의 힘을 얻은 진 그레이. 그녀는 연인인 스콧 서머스와의 평범한 삶을 꿈꾼다. 하지만 헬파이어 클럽과 에마 프로스트가 등장해 엑스맨을 납치하고, 숙적 마스터마인드는 진의 정신을 장악하려는 음모를 꾸민다. 그 과정에서 진의 잠재의식 속에 잠들어 있던 다크 피닉스가 각성한다. 다크 피닉스의 엄청난 힘 앞에 엑스맨은 속수무책이고, 결국 절대적인 힘을 향한 갈증을 견디다 못한 다크 피닉스는 우주로 날아가 별 하나를 통째로 집어삼킨다. 사건은 우주적 규모로 확대되고 다크 피닉스를 막기 위해 크리, 시아, 스크럴 등 외계 종족들이 힘을 합친다. 진의 연인 사이클롭스는 사랑의 힘으로 진의 원래 인성을 되찾으려 하지만 두 사람의 사랑이 이루어지기에 다크 피닉스의 절대적 능력은 터무니없이 강대했다. 결국 진과 엑스맨은 우주를 지켜 내기 위한 최후의 선택을 피할 수 없는 상황에 놓인다.