2차 대전에 참전한 캡틴 아메리카 스티브 로저스는 독일군의 수소폭탄을 분쇄하고 산화한다. 캡틴 아메리카 덕분에 2차 대전은 연합군의 승리로 끝나고 시간은 흘러 2002년. 냉전시대는 종식되고 세계정세는 군산복합체를 비롯한 이익집단의 경제논리에 따라 좌우되는 상황이다. 이때 S.H.I.E.L.D.의 수장 닉 퓨리는 변화한 시대의 새로운 적수에 대처하겠다는 목표를 세우고 정부의 지원을 받는 슈퍼 히어로 팀을 창설한다. 이름 하여 “얼티미츠”. 전 세계의 안보를 책임져야 하는 최정예 부대인 만큼 멤버 선정에 고심을 거듭하던 닉 퓨리는 우선 신체를 키우거나 줄이는 능력을 지닌 행크 핌과 자넷 핌 박사 부부, 헐크로 변신하는 브루스 배너 박사, 다국적 거대기업 스타크 인터내셔널의 CEO이자 아이언 맨인 토니 스타크를 팀원으로 선발한다. 헐크로 변신하면 수습불능의 골칫덩이로 전락하는 브루스 배너를 발탁한 이유는 그가 연구 중이던 슈퍼 솔저 혈청이 복원되면 얼티미츠 팀에 꼭 필요한 구성원인 캡틴 아메리카를 새로 만들 수 있다고 믿었기 때문이다. 그러나 배너 박사의 연구는 지지부진하여 눈에 띄는 성과를 거두지 못하고, 천둥신의 아들 토르의 섭외 과정은 험난하기만 하다. 반항기 가득한 히피 토르는 닉 퓨리를 속물이라 비웃을 뿐 말을 듣지 않는다. 그러던 중 대서양 한가운데서 냉동상태로 보존된 오리지널 캡틴 아메리카가 발견되면서 얼티미츠 프로젝트에도 속도가 붙는다.