정보통신 기술을 기반으로 한 빅데이터는 보건의료 연구 분야에도 큰 주목을 받고 있다. 보건의료 연구에는 의약품이나 의료기기 등 중재(intervention)가 있는 임상시험(clinical trials) 뿐 아니라, 연구대상자를 직·간접적으로 알아 볼 수 있는 개인정보를 활용하는 연구도 포함된다. 특히 공중 보건 연구는 주로 후향적 연구에 속하는데, ①질병의 패턴 분석, 질병 발생 및 전송 추적을 통한 공중 보건 감시 및 대응 속도 개선, ②정확한 대상 선택으로 효율적인 백신 개발, ③대량의 데이터 분석을 통한 수요 파악으로 서비스 제공 및 공공 이익을 위한 보건 위기 예측 및 방지 등에 그 결과가 사용되어 보건의료 연구에서 개인정보의 활용은 국민의 건강한 삶의 질을 향상시킬 수 있는 잠재력이 있다. 그럼에도 불구하고 동시에 보건의료 정보를 활용하는 것은 개인정보보호에 대한 논쟁도 상존하고 있는 것도 사실이다. 우리나라의 개인정보 관련 법제는 정보주체의 개인정보자기결정권 보장을 강조하며, 개인정보의 처리 시 정보주체에게 충분하게 고지하고 동의를 받는 것을 원칙으로 하고 있다. 그러나 EU가 2010년 EU 개인정보보호지침(EU Data Protection Directive 95)을 개정하기 위해 정책방향을 발표하였을 당시 EU 공중보건 연구자들1)이 공식적인 입장을 표명한 바와 같이, 개인정보보호권에 대한 보호는 건강권의 보호와 같이 사회에 도움을 줄 수 있는 다른 권리들과 균형을 이루는 것이 필요하다. 이에 따라 본 연구는 보건의료 영역이 공익적인 건강권의 보호 측면에서 특별한 예외를 허용해야 한다고 주장하며, 보건의료 목적을 위해 개인정보를 처리하는 경우 개인정보를 위한 적절한 안전장치가 제공된다면 관련 규제를 완화해야 하는 근거들을 제시하고, 개인정보보호권과 다른 이익들을 조화시키는 위한 대안을 제안하고자 한다.