헬보이 4권은 3부작으로 구성되었다. 제1부 ‘젊은 시절’과 제2부 ‘중년 시절’에서는 여섯 개의 에피소드를 헬보이의 나이 순으로 배치했다. 그가 미군에서 보호하는 어린아이(2세)였던 때, 헬보이에게 아버지와도 같은 트레버 브루텐홀름 교수가 아직 초자연연구방위국 국장으로 일하던 때, 노련한 수사관으로 성장한 헬보이가 세계 이곳저곳을 누비며 초자연 현상을 해결하던 때까지 다양한 시기를 배경으로 한 에피소드가 수록되었다. 제3부 ‘운명의 오른손’에서는 헬보이가 세상에 미칠 수 있는 영향력을 알고 있는 신부와 악마가 등장하며 헬보이 본인조차 알지 못했던 스스로의 정체와, 거대한 망치처럼 생긴 오른손이 가진 의미가 드러난다.