1939년에 나치가 쏘아 올린 우주선이 지구로 귀환하는 것이 포착된다. 이 오래된 우주선의 경로는 놀랍게도 과거 나치의 거점이었던 고성을 향하고 있었다. 이에 B.P.R.D.(초자연연구방위국)는 헬보이, 에이브 사피엔, 그리고 B.P.R.D. 요원이 된 호문쿨루스 로저를 우주선의 착륙 지점으로 파견한다. 인간이 아닌 로저를 소모품으로 간주하라는 상사의 지령에 헬보이는 갈등하며 성으로 향하고, 그곳에서 나치 잔당과 비밀스러운 히어로 랍스터 존슨을 만난다. 나치를 앞세워 지구를 파멸하려는 외계의 세력, 이를 막으려는 또 다른 외계의 세력이 헬보이와 손잡고 한판 대결을 벌인다.