엑스맨하면 떠오르는 최고의 악당 매그니토. 영화 속 매그니토는 제2차 세계대전 당시 나치 수용소의 피해자이며, 그 트라우마 때문에 인류를 적대시하면서 엑스맨과 대립하는 폭력적인 성향의 캐릭터로 묘사된다. 하지만 코믹북에서는 한 사람의 뮤턴트로서 여러 차례 엑스맨을 도왔으며, 몇몇 엑스맨의 멘토이기도 했다. 심지어 찰스 자비에르는 자신이 부재중일 때 엑스맨 팀을 돌보며 그들의 리더로 활약해 달라고 부탁했다. 이 작품은 만화 역사에서 엑스맨과 매그니토의 관계가 가장 좋았던 시절, 엑스맨은 매그니토를 따르고 매그니토는 엑스맨을 아끼고 위하며 히어로로 살던 시절의 끝을 이야기한다. 매그니토가 착해진 이유가 사실은 모이라 맥태거트 박사의 유전자 조작 때문이었다는 비밀이 밝혀지면서 이제껏 선하게 행동했던 것이 자신의 의지가 아니었음을 깨달은 매그니토는 예전의 모습으로 돌아가려 하고, 그를 사랑하던 엑스맨들은 그를 추종할 것인지, 그와 대적할 것인지를 두고 갈등에 빠진다.

한편 엑스맨 최고의 비밀 병기로 불리는 울버린의 과거가 밝혀진다. 그동안 울버린은 프랭크 밀러의 〈울버린〉과 배리 윈저스미스의 〈웨폰 X〉를 통해 고독한 사무라이이자 정부의 잔인한 비밀 실험에 이용당한 피해자 정도로만 그려졌는데, 과거에 CIA 특수 요원 신분으로 요인 구출 및 중요 물건 탈취를 위해 독일에 파견됐던 사실이 밝혀진다.
또한 울버린 최고의 적수이자 울버린의 아버지, 혹은 형제로 그려지며 울버린 탄생 비밀의 단서가 되는 인물 세이버투스와 러시아에서 행해진 비밀 실험 결과 탄생한 또 다른 슈퍼 솔저 프로그램의 주인공 오메가 레드도 등장한다.

〈엑스맨: 뮤턴트 제네시스〉는 엑스맨 시리즈 중에서 가장 인기 있는 빌런 매그니토와 엑스맨 최고의 비밀 병기 울버린을 중심으로 펼쳐지는 스토리에 남성미 물씬 풍기는 짐 리의 그림체가 더해진 걸작이다.